Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.
Sur une île mystérieuse, des archéologues ont découvert un cheveu fossilisé de Mew, le Pokémon le plus rare du monde. Les chercheurs décident de créer un clone de Mew, Mewtwo, en utilisant cet échantillon, dans le but de l'offrir à Giovanni, le Maître de la Team Rocket. Malheureusement pour eux, il s'avère que le clone n'a aucune envie de devenir leur cobaye. Il détruit le laboratoire et tue tous ceux qui s'y trouvent grâce à son incroyable puissance. Suite à ces événements, il décide d'organiser un grand tournoi afin de rassembler les meilleurs dresseurs, dont Sacha, Ondine et Pierre, dans le but de s'emparer de leur Pokémon, de les cloner et de devenir le maître du monde.
